1894 yılındaki büyük İstanbul depremi, çarşının özellikle sahafların yoğunlaştığı bölümünde büyük hasara yol açtı ve onarımı uzun bir süre aldı. Bu durum, kitapçıların çoğunun Kapalıçarşı’dan ayrılmak zorunda kalmasına neden oldu. O zamanlarda şu anki çarşı alanında fesçilerin barakaları bulunmaktaydı. Kapalıçarşı’dan ayrılan sahaflar, oradaki barakalara sığınmak zorunda kaldılar. Sahafların sayısı hızla arttı ve bu mekân zamanla “Sahaflar Çarşısı” adını aldı. 1950 yılında önemli bir yangın felaketi yaşandı ve belediye, yangın hasarı görmemiş alanları da yıkarak çarşıyı istimlak etti. Sahaflara yeni bir yer göstermek amacıyla Bayazid Camii’nin geniş avlusuna alan tahsis edildi. Yanan çarşı, yeniden yapılandırılarak 1952’de dükkânlar sahaflara kiralandı.