Vatan Caddesi Üzerindedir. Bizans döneminde Konstantinos Lips Kilisesi olan Değişik bölümleri değişik zamanlarda eklenmiş bileşik bir yapıdır. İlk kiliseyi 10. yüzyılın sonunda imparatorlukta yüksek bir memur olan Konstantinos Lips yaptırmıştı. Bu şimdi, kuzeye bakan kanadı oluşturur. Aradan epey zaman geçtikten sonra Mihail Paleologos’un karısı İmparatoriçe Teodora 13. yüzyılın sonunda güneydeki kiliseyi inşa ettirdi. Amacı, burayı Paleologos hanedanının mezarlığı haline getirmekti.
İlk kilisenin, oldukça kuraldışı bir biçimde, beş apsisli olduğu anlaşılıyor. Dıştaki apsislerden kuzeydeki zamanla yok olmuş, güneye bakan ise yanına yapılan yeni kilisenin üç apsisinden biri haline gelmiş. Böylece toplam altı apsis var ve çıkıntıları kilisenin doğu kanadını hareketlendiriyor.
Güneydeki ambulatuarlı olmak üzere iki kilise de Yunan haçı planına göre yapılmış, ama Osmanlı döneminde birçok mimari özellikleri değişmiştir. İki nartekslidir. Güneyinde, güney kilisesine paralel bir de galerisi vardır.
Fatih Sultan Mehmet’in hocası Molla Fenari -Alaaddin Ali Efendi- tarafından 2.Beyazıt döneminde mescite çevrilmiştir manastır da zaviye olarak kullanılmıştır.
1633’te yanan mescit, 4. Murat ‘ın sadrazamı Bayram Paşa tarafından tamir ettirilmiş ve mimber koydurulmuştur. 17. yüzyıl sonlarında caminin bir kanadı ve manastır hücreleri Şeyh İsa El-Mahvi tarafından Halveti tekkesi olarak tahsis edilmiştir. (Molla Fenari’nin ve Şeyh İsa’nın isimlerinden “Molla Fenari İsa” ismi oluşmuş)
Bir çok kez tamir gören cami 1918’deki yangında hasar görmüş. 1960 yılında yapılan bir restorasyonla günümüzdeki halini almıştır.
Molla Fenari İsa Camisini harita üzerinde görmek için tıklayın.