Küçük Mustafa Paşa semtindedir. 8. yüzyılda, Bizans İmparatoru 3. Leon ikona ve her çeşit tasviri yasaklamıştı. 3. Leon, bu resim ve tasvirlerin Hıristiyanlığa zarar verdiği “Heretik” (din dışı sapkınlık) ve putperestliğe geri dönülmesi riski doğurduğu gerekçesiyle kiliselerden silinmesini emretti. İşte bu dönemde ikona savunucusu olan Teodosia, imparator askerlerinin Ayasofya meydanındaki Meryem Ana ikonasını silmesini engellemiş birinin ölümüne sebep olmuştu. İmparator, genç Teodosia’yı ölümle cezalandırdı. Bizanslılar ölen Teodosia’yı “azize” ilan ettiler.
İşte yukarıda anlatılan Teodosia’nın anısına 9. yüzyılda İmparator Basileon tarafından Hagia Teodosia Kilisesi inşaa edildi ve Teososia’nın -kutsal- eşyaları da burada muhafaza edildi. Latin işgali döneminde (1204) Kilise yağmalandı ve büyük tahribat yaşadı.
1453 yılında İstanbul’un fethinden bir gün önce Bizans İmparatoru 11. Konstantin Paleologos bu kilisede Konstantinapolis’in kurtuluşu için büyük bir ayin düzenlemiş ve halkı ile dua etmişti. Bu ayin için kilise güllerle donatılmıştı.
Ertesi gün şehir fethedilip Osmanlı ordusu şehre girince askerler bu güllerle süslenmiş kiliseyi görünce şaşırmışlar ve yapıyı camiye dönüştürmüşler. Adı bu yüzden “Gül Camii” olarak kalmıştır.(bu bir rivayet… Başka bir rivayet “Teososia” isminin “Güller” manasına geldiğidir.)Caminin ismi ile ilgili anlatılanların doğruluğu yapının yanına inşaa edilen minarenin 16. yüzyıla ait olması sebebiyle şüphelidir.(Bazı tarihçiler yapının fetihten sonra 100-150 yıl kadar gemilerin haliç kıyısına getirdikleri eşyaları koydukları depo olduğunu yazar)
1509 depreminde cami de büyük hasar görmüştür. Bu depremde kubbesinin çöktüğü düşünülen cami bir süre sonra ahşap bir çatıyla örtüldüğü o dönemde çizilen gravürlerden anlaşılmaktadır. Günümüzde görülen Türk tarzındaki kubbe ve kemerlerinin II. Selim zamanında yapıldığı düşünülmektedir. II. Mahmut döneminde onanlan caminin hünkar mahfili yine bu padişah döneminde yapılmıştır.
Cami kot farkından ötürü 5 metrelik bir setin üzerinde durmaktadır. Bu set sarnıç vazifesi görmekteydi.