Ekmekçizade Medresesi, İstanbul’un Fatih ilçesinde bulunan bir medresedir. Medrese, 1606-1618 yılları arasında Ekmekçizade Ahmet Paşa tarafından yaptırılmıştır. Kitabesi bulunmadığından yapım tarihi kesinlik kazanamamıştır.
Mimarının Sultanahmet Camii’nin mimarı Sedefkâr Mehmed Ağa olduğu sanılmaktadır. Ekmekçioğlu Ahmet Paşa, 1616’da başdefterdar (günümüzde maliye bakanına o dönemde verilen ad) olmuş ve 1618 yılında vefat etmiştir. Kendi yaptırdığı türbesine defnedilmiştir.
Medrese, dikdörtgen planlı bir avluyu çepeçevre saran revakların gerisinde “U” oluşturacak biçimde dizilen hücreler ve “U”nun açık kalan ucuna yerleştirilen dershaneden oluşmaktadır. Medresenin dershanesi, girişin karşısında değil, yanda, uzun eksenin ucuna yerleştirilmiştir.
Medrese üzerinde zamanla bazı değişiklikler gerçekleştirilmiştir. Medresenin asıl girişi olan Kovacılar Caddesi cephesinin ortasında bulunan basık kemerli kapı girişi kapatılmış; batı duvarına açılan kapıyla, yeni bir giriş oluşturulmuştur.
İlk tasarımında 17 hücresi olan medresenin türbeye bitişik olan ilk hücresi sokaktan kullanılan bir dükkana çevrilmiştir. Bu değişiklik için hücrenin revak yönündeki kapısı iptal edilmiş, Kovacılar Caddesi üzerindeki duvarı yıkılarak cephesine bir sivri kemer yapılmıştır. Güney ve batı kolunda toplam 9, kuzeydoğu yönünde 8 hücre bulunmaktadır. Batı yönündeki hücrelerin Kovacılar Caddesine açılan birer penceresi vardır. Doğu taraftaki hücreler ise revağa açılan pencerelerden gelen ışıkla aydınlanmaktadır. Hücrelerin özgün ocakları korunmuştur. Çoğu korunmuş olan bacaların sekizgen prizma gövdelerinin alt bölümü tuğladan, duman deliklerinin şapkaları küfeki taşından yapılmıştır.