Zeyrek Kilise Camisi, İstanbul’un Fatih ilçesinde bulunan bir camidir. Cami, 11. yüzyılda Pantokrator Manastırı’nın kilisesi olarak yaptırılmıştır.
Kilise, II. İonnes Komnenos’un eşi İrene tarafından başlatılmıştır. Pantokrator Manastırı’nın kilisesi, “evrenin hâkimi” “Pantokrator İsa”ya sunulmuştur. 1136’dan önce esas büyük kilisenin kuzeyine “Şefkatli Meryem’e sunulmuş daha küçük ikinci kilise yapılmış ve ikisinin arasına, Başmelek Mikail’in adına bir mezar şapeli eklenmiştir. Böylece kilise birbirine bitişik üç yapıdan oluşmuştur.
Kilise ve manastırın mimarı Nikeforos’tur. Fetihten sonra, Pantokrator Manastırı da Fatih Külliyesi’nin medreseleri yapılıncaya kadar medrese olarak kullanılmış, kilise de camiye çevrilmiştir.
Caminin içinde görülen bazı önemli değişiklikler, Türk sanatında barok üslubun hâkim olduğu dönemin özelliklerine sahiptir. Bundan da 18. yüzyılın ikinci yarısında büyük ölçüde onarıldığı anlaşılmaktadır.
Cami, 1950’li yıllarda oldukça harap ve bakımsız durumda idi. Güneydeki büyük bölümün çürüyen ahşap döşemesi söküldüğünde çok zengin bir taban süslemesi meydana çıkmıştır. Pantokrator Manastırı’ndan bugün toprak üstünde görünür bir iz veya kalıntı yoktur. Yalnız caminin çevresinde evvelce manastır yapılarının altında oldukları anlaşılan değişik ölçülerde sarnıçlar bulunmaktadır.
Evvelce manastırın kilisesi iken Zeyrek Camisi olan ve üç binadan oluşan kompleksin en eski ilk bölümünün güneydeki yapısı olduğu tahmin edilmektedir. Güney kilise, Roma mimarisinde “dört sütunlu kapalı haç biçiminde planlı” tiptedir.
Meryem’in adına olan kuzeydeki kilise ise bir nartekse sahiptir. Plan bakımından güneydekinin, daha ufak ölçüde benzeridir. Her iki kilisenin arasındaki mezar şapeli, üstü oval biçimli iki kubbe ile örtülü dar ve uzun bir mekândan ibarettir.
Fatih vakfiyesinde 50 hücreli olarak belirtilen medreseden ise bugün hiçbir iz yoktur.