Külliye; cami, medrese, sıbyan mektebi, çeşme ile türbeden oluşmaktadır. 16. yy. yapısı olan bu külliye Kanuni Sultan Süleyman sadrazamlarından Kara Ahmet Paşa tarafından yapımına başlanmıştır. Kara Ahmet Paşa’nın 29 Eylül 1555’te idamı üzerine inşaat bir süre durmuştur. Vakfiyesi 21 Temmuz 1555 tarihlidir. Günümüzdeki Kara Ahmet Paşa Külliyesi sadece cami, medrese, türbe ve sıbyan mektebinden ibaret olduğuna göre, vakfiyede adı geçen zaviye ile aşhane-imarethane ya hiç yapılmamıştır ya da külliyenin çevresinde yapılmış iken zamanla ortadan kalkmış olmalıdır.
Mimar Sinan tarafından yapılan cami 1696’da tamir görmüştür. Kubbesinin 1894 zelzelesinde zarar gördüğü ve onarıldığı bilinmektedir. Sıbyan mektebi ile türbe, dış avlu duvarının uzağında ve cadde kenarındadır. Cami avlusunun üç tarafını medrese çevirmektedir.
Esas cami mekânı dikdörtgen biçimde olup sütunlara oturan bir altıgen orta kısmı meydana getirir. Dört yan kubbe ile desteklenen ana kubbe bu kısmın üstüne oturur. Sütun başlıkları, mahfil korkulukları, mahfil ve minber mermerden, itinalı bir işçilikle yapılmıştır. Son cemaat yerindeki dolap nişleri ile içeride ayetli pencere alınlıklarında değerli İznik çinileri bulunmaktadır. Vaaz kürsüsü, cümle kapısı ve pencerelerin ahşap kanatları 16. yy’ın geçmeli ahşap işçiliğinin güzel örnekleridir. Mahfillerin altlarındaki ahşap tavanlarda pek az sayıda benzeri günümüze kalabilmiş güzellikte renkli ve altın yaldızlı nakışlar bulunmaktadır.
Türbe yine Mimar Sinan tarafından, Ahmet Paşa’nın ölümünden 3-4 yıl sonra mezarı üzerinde temiz bir taş işçiliği ile yapılmıştır. Sıbyan mektebi türbenin biraz ilerisinde yer almaktadır. Mektep, üzeri ahşap çatı ile örtülü ve kare planlı iki mekândan oluşmaktadır. Kesme taş ve tuğladan inşa edilmiştir.