Vezneciler’den Süleymaniye Camii’ne giden yol üzerinde Bozdoğan Kemeri’nin yanıbaşında İstanbul’un tarihine Bizans döneminden günümüze kadar şahitlik eden bir dini yapı duruyor.
Yapının günümüzdeki ismi Kalenderhane Camii… İlk yapıldığında Theotokos Kyriotissa Manastırı’nın kilisesi olarak inşa edilmiş. Tam olarak yapım tarihi bilinemiyor fakat 9-12. yüzyıl Bizans mimarisi özellikleri taşıyor. Theotokos Kyriotissa Manastırı 13. yüzyılda Latin istilası sırasında Katolik Kilisesi olarak kullanılmış.
Fetih sonrası Fatih Sultan Mehmet vakfının mülkleri içinde yer almış. Fatih Sultan Mehmet tarafından İstanbul kuşatması sırasındaki hizmetleri sebebiyle Kalenderi Tarikati (Şii, 12 İmam, Vahdet-i Vücud inancına sahip, bir tarikat) dervişlerine zaviye olarak verilmiş. Bu sebeple yapı Kalenderhane olarak isimlendirilmiş. Manastırın keşiş odaları zaviye olmuş, ana bina tevhidhane olarak kullanılmış.
1718 ve 1727’de yaşanan yangınlarda hasar görmüş. 1747 yılında darüssaade ağası Beşir Ağa tarafından onarımdan geçirilen yapı camiye dönüştürülerek hünkar mahfili eklenmiş. Bu onarımın ardından Kalenderhane Camii ismi ile anılan yapıya bir de medrese eklenmiş. 1844’te eskiyen minber tekrar yaptırılmış.
1930 yılında yıldırım düşerek yıkılan minare onarılmış. 1747’deki onarım sonrası Kalenderhane Camii’nin yanına eklenen medrese 1935 yılında 16 Mart Şehitleri Anıtı dikilmesi amacıyla yıkılmış. Fakat anıt buraya dikilmemiş.
Kalenderhane Camii ve civarında 1966 -1975 yılları arasında Harvard Üniversitesi ve İTÜ işbirliği ile ayrıntılı bir arkeolojik çalışma yapılmış ve daha önce bilinmeyen bazı yapı kalıntıları çıkarılmış. Bu çalışmalar esnasında Assisili Aziz Fransis’in hayatını resmeden freskler de ortaya çıkarılmış.
Eski Eser Encümen Dosyası’nda, Vezneciler Kız Öğrenci Yurdu’nun yapımı sırasında Kalenderhane Medresesi’nin müştemilat binası ve bir Bizans sarnıcının kalıntılarına rastlandığı yazar.