Topkapı Meydanındadır. Fatih Sultan Mehmet’in sekbanbaşılarından Bayezid Ağa tarafından fetih döneminden sonra inşa ettirilmiştir. İlk yapıldığı dönemde duvarları kagir çatısı ahşaptı.
19. yüzyıl sonlarında esaslı bir tamir geçirdi. Zamanla harap olan eser 1955 yılında Fatih Cemiyeti
tarafından onartıldı. Bu onarım sırasında caminin banisi Bayezid Ağa’nın avludaki türbeside yenilenmiştir.
Bayezit Ağa Camisini harita üzerinde görmek için tıklayın.