Bali Paşa Camii, Fatih Bali Paşa Caddesi Hoca Efendi Sokak’tadır. Yapımı üzerine iki farklı görüş bulunur. Birinci görüşe göre 2. Beyazıt dönemi vezirlerinden Bali Paşa tarafından yaptrılmaya başlanmış fakat karısı Hüma Sultan tarafından bitirilebilmiştir.
İkinci ve daha akla yakın görüşe göre 1548 tarihinde İskender Paşa’nın kızı Hüma Hatun tarafından Mimar Sinan’a yaptırılmış.
(Eğer ikinci ihtimal doğru ise Kanuni Sultan Süleyman döneminin meşhur ismi Malkoçoğlu Bali Bey adına yapılmış. İki farklı görüşün olmasının sebebi son cemaat yeri alınlığında imar tarihi 1494 yazması ve yapının Tezkiretül Bünyan ve Tezkiretül Mimarin’de yer alarak Mimar Sinan eseri olduğunu işaret etmesidir. 1494 tarihi Mimar Sinan için erken bir tarihtir…)
1633 yangını, 1766 ve 1894 depremleri ve 1918 yangını ile tahrip olan yapı uzanca bir süre harebe halinde kaldı. 1936 ve 1975 yıllarında onarıldı. Son onarımı ise 2007’de yapılarak, şubat 2008’de ibadete açıldı.
Daha önce yapı yakınlarında bulunan şadırvan Bali Paşa ve Hüma Hatun’un türbelerinden bugün hiç bir iz yok.
Yapının hemen yanında Keskin Dede Türbesi yer alıyor.