Fatih’te Nişanca Caddesi üzerinde yer alan ve yaptıran kişi sebebiyle Nişancı, Nişancı Paşa, Cedîd Nişancı Mehmed Paşa, Boyalı Mehmed Paşa gibi adlarla da anılan külliye; cami, türbe, iki medrese, sebil ve hazîreden ibaretken bunlara daha sonra bir zâviye/tekke ilâve edilmiştir.
Cami, medrese, türbe ve zaviyeden oluşan külliye Nişancı Mehmet Paşa tarafından 1584-89’da yaptırılmıştır. Bugün ise külliyeden cami, türbe ve haziresi kalmıştır. Cami birçok defa tamir görmüştür.
Mimar Sinan’ın eserlerini bildiren Tezkiretü’l-bünyân ve Tezkiretü’l-ebniye’de yer almamakla birlikte Tuhfetü’l-mi‘mârîn’de ona ait gösterilmektedir. Ayrıca Evliya Çelebi, Sinan yapısı olduğundan bahisle, “Selâtin camileri kadar mükellef ve mükemmel bir camidir” demektedir.
Hadikatü’l-Cevamiye göre, avlusunda tahtani ve fevkani iki medrese bulunmaktaydı. Ayrıca bunların yanında bulunan hankahın (Dervişlerin sohbet ve zikir için toplandıkları, bir süre ikamet ettikleri, bazan inzivaya çekildikleri mekânlar için kullanılan terim) da Mehmed Paşa’nın ölümünden sonra vakıf paralarıyla yaptırıldığı ve şadırvan avlusunda bir kuyunun da bulunduğu yazmaktadır. Bu kuyu bugün son cemaat mahalli önünde halen mevcuttur.
Son cemaat yerine açılan cümle kapısının her iki yanında yer alan kitâbelerde caminin, Şükrullah Efendi tarafından 1766-67 (h. 1180), 2. Mahmud zamanında da Şeyhülislâm Mekkîzâde Mustafa Asım Efendi tarafından (1835) esaslı onarımlardan geçtiği yazılmaktadır. 1766 depreminin camide az hasara sebep olduğunu veya daha önceden başlanılan tamirin bu tarihte bitirildiğini düşündürmektedir. 1958 yıllarında vakıflar idaresi ve son yıllarda halkın desteğiyle yapılan tamirlerle yapı özgün mimarisini günümüze kadar korumuştur.